通知还指出，《国务院关于实施〈国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)若干配套政策的通知〉》规定的优惠措施，即“国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起两年内免征所得税”，也按过渡优惠政策实施。
以前五大经济特区和浦东开发区的内外资生产型企业，不论是不是高科技企业，都可以享受“两免三减半”的税收优惠。但今后，上述区域内新成立的高科技企业才可以享受这项政策。此外，以前只有在国务院认定的高新技术开发区内，企业才能享受15%的优惠税率。而今后，不分区域，不分内外资，所有高科技企业都可以享受这一优惠政策。不过，国家对于高科技企业的认定将更加严格，要求必须具有自主知识产权。
新企业所得税法对高新技术企业政策倾斜无疑是较大的。新税法规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除，即：企业的技术开发费在100%扣除的基础上，允许再按实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。
专家建议，现有高新技术企业要加大对科技研发资金的投入，符合条件的企业应尽快申报高新技术企业，以享受高新技术企业的所得税政策，用好用活国家和地方现有的优惠政策，以新税法的实施为契机，考虑进行产业升级，达到自我更新、高水平发展的目的。
“过去的税收优惠从向特区经济倾斜，改成了向行业、高科技和一些特殊的领域倾斜，”中国人民大学财政金融学院财政系主任朱青认为，“采取这种分期提高税率的办法，目的就是为了所得税税收政策实行一个平稳的过渡。”
短期对低税率企业影响不大
“给予老企业过渡期优惠并非是法定必须的，也不是国际上的通行做法。”北京大学财经法研究中心主任刘剑文教授认为，“中国企业所得税法关于过渡期的规定，是为了在统一企业所得税法实施时老企业能够平稳过渡，也体现了我国政府的守信态度。”
“新企业所得税法规定，对高新技术企业实行15%的优惠税率，不再作地域限制，在全国范围内都适用。
目的是继续保持高新技术企业税收优惠政策的稳定性和连续性，有利于促进高新技术企业加快技术创新和科技进步的步伐。”刘剑文教授表示。
专家认为，企业所得税过渡优惠政策是新税法的重要组成部分，原享受低税率优惠政策的经济特区及浦东新区非高新企业，所得税税率采取5年内逐步过渡的方式，应该说有负面影响但要比人们想象的小得多。如果企业所得税率一次性由15%提升至25%，这些享受地区税收优惠的非高新企业可能压力很大；而企业所得税率每年仅提高3个或不到3个百分点，负面影响不大。
同时，新税法允许内资企业在税前扣除包括福利在内的全部实际工资，企业的研发费用可以按照15%的额度在税前扣除，广告费和业务宣传费支出不超过当年销售收入15%的部分准予扣除……这些规定将大大减少企业的应纳税额，鼓励企业扩大研发经费投入，对于广告费和业务宣传费成本占比较大的医药、地产、食品饮料、轻工制造和汽车等行业，将带来更多积极影响。
专家认为，所得税过渡优惠政策的出台表明，以前享受低税率的非高新技术企业所得税将逐步提高。然而其间有五年的缓冲期，这样一种从现有税率分年度逐步调整到位的做法，将减少对企业的冲击。所以，短期内对此类企业的利润影响不大，企业相对更容易接受和应对，投资者不必过度担忧。
“两翼地区”的新特权
旧有区域优惠政策的逐步取消，似乎并不意味着区域优惠本身被全盘否定。在“产业优惠为主、区域优惠为辅”的理念之下，国务院的两份通知同时又赋予了中国的“两翼地区”新的“特权”。
前不久颁布的过渡优惠政策通知明确指出，财政部、税务总局和海关总署联合下发的《关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》中规定的西部大开发企业所得税优惠政策，继续执行。
事实上，这一政策倾斜早在2007年年中便已初露端倪。当年的6月14日，重庆市常务副市长黄奇帆在接受国外媒体采访时就表示，两税合并后，至少10年内，重庆外企税率仍维持为15%。
黄奇帆的上述言论曾引起广泛争议，原因在于，根据《国务院关于实施西部大开发若干政策措施的通知》，对设在西部地区国家鼓励类的内资企业和外商投资企业，在2001年至2010年期间，减按15%的税率征收企业所得税。
同时，按照这一新规定，则在西部地区新办交通、电力、水利、邮政、广播电视企业，上述项目业务收入占企业总收入70%以上的，还可以继续享受企业所得税如下优惠政策：内资企业自开始生产经营之日起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税；外商投资企业经营期在10年以上的，自获利年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。
对此，财政部有关人士解释，这是为积极引导西部地区投资方向，提升西部地区经济总量，支持西部地区加快发展，促进我国区域经济社会协调发展。
而根据国务院同日发布的通知规定，中国的另外一翼——地处中国东部的深圳、珠海、汕头、厦门、海南经济特区和上海浦东新区——其新设立的高新技术企业则将获得新的“两免三减半”的过渡优惠政策。
上述通知规定，对五大经济特区和上海浦东新区内2008年1月1日(含)之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。
